Sejarah Jakarta pada periode 1501 hingga 1900 Masehi adalah babak paling transformatif, di mana kota ini berubah dari pelabuhan perdagangan menjadi ibu kota kekuasaan kolonial. Periode ini ditandai dengan tiga nama besar: Sunda Kelapa, Jayakarta, dan Batavia.
Abad Ke-16: Sunda Kelapa dan Jayakarta
Awal abad ke-16, Jakarta masih dikenal sebagai Sunda Kelapa, sebuah pelabuhan penting di bawah Kerajaan Sunda. Namun, kedatangan bangsa Portugis yang ingin memonopoli perdagangan rempah-rempah mengubah segalanya. Kerajaan Sunda, yang merasa terancam, menjalin perjanjian dengan Portugis pada tahun 1522 untuk membangun benteng di Sunda Kelapa. Perjanjian ini akhirnya mengundang reaksi dari Kesultanan Demak.
Dipimpin oleh panglima perang bernama Fatahillah, pasukan gabungan Demak dan Cirebon menyerang Sunda Kelapa. Pada 22 Juni 1527, pasukan Fatahillah berhasil merebut pelabuhan tersebut dan mengusir Portugis. Untuk memperingati kemenangan gemilang ini, Fatahillah mengubah nama Sunda Kelapa menjadi Jayakarta, yang berarti “kota kemenangan.” Tanggal ini kemudian ditetapkan sebagai hari jadi kota Jakarta.
Di bawah kepemimpinan Fatahillah, Jayakarta berkembang menjadi kota pelabuhan yang ramai dan berada di bawah pengaruh Kesultanan Banten.
Abad Ke-17 hingga 19: Era Batavia
Masa kejayaan Jayakarta tidak berlangsung lama. Pada awal abad ke-17, Vereenigde Oostindische Compagnie (VOC), kongsi dagang Belanda, mulai berdatangan dan mendirikan loji-loji (kantor dagang) di sekitar Jayakarta. Konflik pun tak terhindarkan. Pada tahun 1619, di bawah pimpinan Gubernur Jenderal Jan Pieterszoon Coen, VOC menyerang dan menghancurkan Jayakarta. Di atas reruntuhan Jayakarta, VOC kemudian membangun sebuah kota baru dengan nama Batavia. Nama ini diambil dari nama suku kuno di Belanda, Batavieren.
Selama hampir dua abad, Batavia tumbuh menjadi pusat administrasi dan perdagangan kolonial Belanda. VOC membangun kota benteng yang kokoh, lengkap dengan kanal-kanal seperti di Belanda untuk pertahanan dan sanitasi. Arsitektur kota juga didominasi gaya Eropa, dengan gedung-gedung pemerintahan, gereja, dan rumah-rumah bergaya kolonial. Kota Batavia yang lama, atau yang sekarang dikenal sebagai Kota Tua, menjadi pusat kegiatan ekonomi dan sosial.
Pada akhir abad ke-18, VOC mengalami kebangkrutan akibat korupsi dan persaingan dagang. Pada 31 Desember 1799, VOC resmi dibubarkan dan seluruh asetnya, termasuk Batavia, diambil alih oleh Pemerintah Kerajaan Belanda.
Sejak saat itu, Batavia berada di bawah pemerintahan Hindia Belanda secara langsung. Pemerintah kolonial melanjutkan pembangunan kota ke arah selatan, yang kemudian dikenal sebagai “Batavia Baru” atau Weltevreden (sekarang kawasan Gambir dan sekitarnya). Di area ini, mereka membangun perkantoran modern, sekolah, dan fasilitas publik lainnya. Batavia terus berkembang pesat sebagai ibu kota kolonial hingga memasuki abad ke-20.